试管婴儿的性别可以将胚胎在体外进行选择后再植入母体，避免了此前的父母让不是理想性别的胎儿天折的残忍行为。有人质疑: 这是否会引发新的性别歧视？是否会导致大范围的男女比例失调？是否从此人类的生育越来越不人性化？
选择孩子性别的技术也带来了一系列的麻烦。虽然它受到了来自受益家庭的褒扬，但它也产生了沉重的伦理争议。各国生殖专家在是否应该选择胚胎性别的问题上也产生了分歧。目前许多欧洲国家已经禁止进行性别选择，我国也已明确禁止胎儿及胚胎的性别选择，以避免男女比例失衡的进一步扩大。从技术上讲，在胚胎移植之前完全是有把握控制胚胎性别的。仅仅因为重男轻女，或是重女轻男，都不应该通过试管婴儿技术来选择自己后代的性别。但是，如果是有某些有家族遗传病史，如与X——染色体有关的遗传病，在这种情况下，要通过试管婴儿技术生下患者想要性别的胚胎，患者必须在做试管婴儿之前获取医生的诊断书。
性别控制的试管婴儿可通过以下两个方法来实现：
1)精子的性别选择
我们知道性别是由精子的染色体来确定的。也就是说有两种精子，一种带有X染色体，另一种带有Y染色体。但是从形态上两种精子是没有任何区别的。由于Y染色体比X染色体小，因而带Y染色体的精子DNA含量要比带X染色体的精子DNA 含量少，这种重量差异只有2.8%。即使如此科学家也能够将它们用机器分离出来。这就是目前所说的“性控精液”。为了分离两种精子，必须用一种DNA 的荧光染料将精子的核染色后通过机器来分离。这种分离方法速度比较慢，且会丢失大量精子，因此，分离后的精子数量很少，只能用显微授精的方法让卵子受精。目前，人们仍然对这种 DNA 染料的副作用不清楚。因为它是直接与遗传物质发生反应，是否对它们有害还不十分清楚。即使如此，这种技术也不能完全分离两种精子，成功率只有80%左右。那么并不能完全保证体外受精后和移植的胚胎的性别是患者所需要的。
2)早期胚胎的性别判断
这是将体外受精和胚胎着床前诊断结合在一起的试管婴儿技术。它的操作与胚胎着床前诊断基本一样。在体外受精后的第2天（胚胎的第3天），将每一个胚胎中的一个卵裂球用显微操作的方法取出，然后用带有荧光的X和Y染色体的探针染色，再在荧光显微镜下观察确定将来生男生女的胚胎。由于一般情况下两种精子是均等地分布在精液中，因而，胚胎的一半将会是生男孩的胚胎，而另一半是生女孩的胚胎。也就是说，患者的胚胎将有一半会被丢掉，而另一半的胚胎经过显微操作后，质量也会受到一定的损伤，这样可供移植的胚胎数量将会大大地减少。因此胚胎移植后的成功率将会降低。由此可见，如果不是为了预防某些疾病的遗传，单纯的性别选择的试管婴儿是没有必要的。
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